Mevlana Değişim Programı, Proje Tabanlı Uluslararası Değişim Programı ve ülke bazlı proje çağrıları (Örneğin PAK-TÜRK Çağrısı) için YÖKSİS üzerinden başvurularda, mağduriyet yaşanmaması adına, yurt dışındaki üniversitenin sistem üzerinden seçiminin gerçekleştirilmesi için (eğer ilgili üniversite ile Mevlana Protokolü imzalanmışsa) yükseköğretim kurumlarımızın Mevlana ofisleri tarafından, mevcut protokollerin YÖKSİS'e girişlerinin yapılması gerekmektedir.